PCR檢測實驗室建設(shè)
PCR實驗室建設(shè)基本屬于特種實驗室建設(shè)中的一種,例如現(xiàn)在我國新冠病毒疫情頻發(fā),就需要各地市醫(yī)療機構(gòu)進一步加強PCR實驗室建設(shè),擴展病原微生物的檢驗項目,提高當(dāng)?shù)匦l(wèi)生應(yīng)急檢測能力,為人民群眾的身體健康保駕護航,為政績?yōu)槊裆龀龈玫呢暙I。是一項在時間內(nèi)體外大量擴增特定的DNA片段的分子生物學(xué)技術(shù)。PCR實驗室或稱PCR擴增實驗室,就是進行聚合酶鏈反應(yīng)的實驗場所。
PCR實驗室的設(shè)計
PCR實驗室的空間設(shè)計有其固定的模式,PCR實驗室面積及實驗用房的要求基本一致,與醫(yī)院本身或檢測機構(gòu)的規(guī)模、日門診量等關(guān)系不大。
PCR是由四間相鄰的實驗室組成,包括試劑準(zhǔn)備區(qū)(產(chǎn)品準(zhǔn)備區(qū))標(biāo)本制備區(qū)、擴增區(qū)和產(chǎn)物分析區(qū),通常每間面積在10m2左右。在使用實時熒光PCR儀、HIV病毒載量測定儀的PCR實驗時,通??蓛H設(shè)立三間實驗室。
PCR實驗室的平面設(shè)計有嚴(yán)格的要求,為避免污染,流線必須不可逆,且只能是按試劑備區(qū)→標(biāo)本制備區(qū)→擴增區(qū)→產(chǎn)物分析區(qū)的順序單向序列。PCR實驗室之間必須有單獨的內(nèi)部走廊,不能使用公共走廊,各實驗室間需要有傳遞窗進行標(biāo)本無菌傳遞,進入四間實驗室之前都必須要過緩沖空間。各區(qū)必須相互獨立,儀器設(shè)備和各種物品應(yīng)嚴(yán)格分開,不能混用。每間實驗室內(nèi)須安裝紫外線燈,供實驗前后進行空氣消毒。
為保證實驗的準(zhǔn)確性,試劑準(zhǔn)備區(qū)及標(biāo)本制備區(qū)的風(fēng)壓宜呈微正壓,以防外界含核酸氣溶膠的空氣進入,造成污染,通過控制進風(fēng)風(fēng)量大于排風(fēng)風(fēng)量達到正壓效果。擴增室及產(chǎn)物分析室應(yīng)呈微負壓,以防含核酸的氣溶膠擴散污染試劑與樣品,通過控制排風(fēng)風(fēng)量大于進風(fēng)風(fēng)量達到負壓效果。理想情況下緩沖內(nèi),可設(shè)置正壓,使室內(nèi)空氣不流向室外,室外空氣不流向室內(nèi)。
PCR實驗室典型平面圖
PCR實驗室的設(shè)計與建設(shè)技術(shù)要求
分區(qū) | 設(shè)計要求 | 壓力 | 溫度 | 濕度 | 照度 |
PCR走廊 | 實驗室分割合理,寬敞明亮,各區(qū)人流方向一目了然 | 微負壓 | 20-26°C | 40--60% | 主實驗室300LX,其它房間200-300LX |
試劑準(zhǔn)備區(qū) | 各區(qū)有獨立的空氣對外排放裝置,中央空調(diào)出風(fēng)口封閉 | 正壓 | 20-26°C | 40-60% | 主實驗室300LX,其它房間200-300LX |
樣品制備區(qū) | 所有分割連接處作到密封,間隙不能超過0.4cm | 正壓 | 20-26°C | 40-60% | 主實驗室300LX,其它房間200-300LX |
擴增區(qū) | 人員流動要求在地面標(biāo)有路標(biāo)箭頭 | -10pa | 20-26°C | 40-60% | 主實驗室300LX,其它房間200-300LX |
擴增產(chǎn)物分析室 | 傳遞窗兩面要求有門 | -20pa | 20-26°C | 40-60% | 主實驗室300LX,其它房間200-300LX |
《臨床基因擴增檢驗實驗室基本設(shè)置標(biāo)準(zhǔn)》中規(guī)定了PCR實驗室每個區(qū)所需的儀器設(shè)備一覽表
房間名稱 | 儀器設(shè)備名稱 |
試劑準(zhǔn)備區(qū) | 高速臺式離心機、超凈臺、天平、混勻器、冰箱、微量加樣器X2 |
標(biāo)本制備區(qū) | 高速臺式離心機、超凈臺、天平、混勻器、冰箱、水浴箱或加熱模塊X2、生物安全柜、移動紫外燈、微量加樣器X2 |
擴增區(qū) | 基因擴增儀、移動紫外燈、微量加樣器 |
產(chǎn)物分析區(qū) | 移動紫外燈、酶標(biāo)儀、洗扳機、恒溫箱、微量加樣器X2 |
PCR實驗室的裝修
⊙主體結(jié)構(gòu):主題為彩銅板、鋁合會型材。內(nèi)所有陰角、陽角均采用銅合金50內(nèi)圓角鋁,從而解決容易污染,積塵、不易清掃等問題。結(jié)構(gòu)牢固,線條簡明,美觀大方,密封性好。
⊙標(biāo)準(zhǔn)的三區(qū)分隔和氣壓調(diào)節(jié):將PCR過程分成試劑準(zhǔn)備、標(biāo)本制備和PCR擴增檢測三個獨立的實驗區(qū)。整個區(qū)域有一個整體緩沖走廊。每個獨立實驗區(qū)設(shè)置有緩沖區(qū),同時各區(qū)通過氣壓調(diào)節(jié),使整個PCR實驗過程中試劑和標(biāo)本免受氣溶膠的污染并降低擴增產(chǎn)物對人員和環(huán)境的污染??纱蜷_緩沖區(qū)1,緩沖區(qū)2和PCR擴增區(qū)的排風(fēng)扇往外排氣,在實驗區(qū)的外墻上和各扇門上都安裝有風(fēng)量可調(diào)的回風(fēng)口,空氣通過回風(fēng)口向室內(nèi)換氣。
⊙消毒:在三個實驗區(qū)和三個緩沖區(qū)頂部以及傳送窗內(nèi)部安裝有紫外燈,供消毒用。在試列準(zhǔn)備區(qū)和標(biāo)本制備區(qū)還設(shè)置移動紫外線燈,對實驗桌進行局部消毒
⊙機械連鎖不銹鋼傳遞窗:試劑和標(biāo)本通過機械連鎖不銹鋼(不建議使用電子連鎖方式)傳遞窗傳遞,保證試劑和標(biāo)本在傳遞過程中不受污染(人物分流)。
⊙地面:地面建議使用PVC卷材地面或自流坪地面,整體性好。便于進行清掃,耐腐蝕。沒有條件的也可采用水磨石地面,或大塊的瓷磚(至少800mm*800mm)接縫需要小于2mm.
⊙照明:燈具要選用凈化燈具,能達到便于清洗、不積塵的特點
PCR實驗室建設(shè)延申閱讀
基因擴增檢驗實驗室的規(guī)范化設(shè)置
臨床基因擴增檢驗實驗室的規(guī)范化設(shè)置詳見《臨床基因擴增檢驗實驗室管理暫行辦法》(衛(wèi)醫(yī)發(fā)[2002]10號文)附件《臨床基因擴增檢驗實驗室基本設(shè)置標(biāo)準(zhǔn)》。為避免污染,必須嚴(yán)格遵循《臨床基因擴增檢驗實驗室設(shè)置標(biāo)準(zhǔn)》設(shè)置臨床基因擴增檢驗實驗室。 臨床基因擴增檢驗實驗室四個隔開的工作區(qū)域中每一區(qū)域都須有專用的儀器設(shè)備。各區(qū)域都必須有明確的標(biāo)記,以避免設(shè)備物品如加樣器或試劑等從其各自的區(qū)域內(nèi)移出從而造成不同的工作區(qū)域間設(shè)備物品發(fā)生混淆。進入各個工作區(qū)域必須嚴(yán)格遵循單一方向順序,即只能從試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū)、標(biāo)本制備區(qū)、擴增反應(yīng)混合物配制和擴增區(qū)(簡稱擴增區(qū))至產(chǎn)物分析區(qū),避免發(fā)生交叉污染。在不同的工作區(qū)域應(yīng)使用不同顏色或有明顯區(qū)別標(biāo)志的工作服,以便于鑒別。此外,當(dāng)工作者離開工作區(qū)時,不得將各區(qū)特定的工作服帶出。 清潔方法不當(dāng)也是污染發(fā)生的一個主要原因,因此實驗室的清潔應(yīng)按試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū)至擴增產(chǎn)物分析區(qū)的方向進行。不同的實驗區(qū)域應(yīng)有其各自的清潔用具以防止交叉污染。
(一)試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū)
下述操作在該區(qū)進行:貯存試劑的制備、試劑的分裝和主反應(yīng)混合液的制備。
貯存試劑和用于標(biāo)本制備的材料應(yīng)直接運送至試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū),不能經(jīng)過產(chǎn)物分析區(qū)。在打開含有反應(yīng)混合液的離心管或試管前,應(yīng)將其快速離心數(shù)秒。試劑原材料必須貯存在本區(qū)內(nèi),并在本區(qū)內(nèi)制備成所需的貯存試劑。當(dāng)貯存試劑溶液經(jīng)檢查可用后,應(yīng)將其分裝貯存?zhèn)溆?,避免由于?jīng)常打開反應(yīng)管吸液而造成污染。
含反應(yīng)混合液的離心管或試管在冰凍前都應(yīng)快速離心數(shù)秒。大多數(shù)用于擴增的試劑都應(yīng)冰凍貯存。為避免因單次反應(yīng)取液而頻繁的凍融主貯存試劑,應(yīng)分裝冰凍貯存試劑溶液。貯存試劑的分裝體積根據(jù)通常在實驗室內(nèi)一次測定所需的擴增反應(yīng)數(shù)來決定。
主反應(yīng)混合液的組成成份尤其是聚合酶的適用性和穩(wěn)定性通過預(yù)試驗來檢查,評價結(jié)果必須有書面報告。對于"熱啟動"技術(shù)(在第一個高溫變性步驟后加入酶),聚合酶也可不包含在主反應(yīng)混合液中。
在整個本區(qū)的實驗操作過程中,操作者必須戴手套,并經(jīng)常更換。此外,操作中使用一次性帽子也是一個有效地防止污染的措施。 嚴(yán)禁用嘴吸取液體,加樣器和吸頭等必須經(jīng)高壓處理。
工作結(jié)束后必須立即對工作區(qū)進行清潔。本工作區(qū)的實驗臺表面應(yīng)可耐受諸如次氯酸鈉的化學(xué)物質(zhì)的消毒清潔作用。實驗臺表面的紫外照射應(yīng)方便有效。由于紫外照射的距離和能量對去污染的效果非常關(guān)鍵,因此可使用可移動紫外燈(254nm波長),在工作完成后調(diào)至實驗臺上60~90cm內(nèi)照射。由于擴增產(chǎn)物僅幾百bp,對紫外線損傷不敏感,因此紫外照射擴增片段必須延長照射時間,*好是照射過夜。實驗室及其設(shè)備的使用必須有日常記錄。
(二)標(biāo)本制備區(qū)
下述操作在該區(qū)進行:臨床標(biāo)本的保存,核酸(RNA、DNA)提取、貯存及其加入至擴增反應(yīng)管和測定RNA時cDNA的合成。 要正確使用加樣器。由于在加樣操作中可能會發(fā)生氣溶膠所致的污染,所以應(yīng)避免在本區(qū)內(nèi)不必要的走動??赏ㄟ^在本區(qū)內(nèi)設(shè)立正壓條件避免從鄰近區(qū)進入本區(qū)的氣溶膠污染。為避免樣本間的交叉污染,加入待測核酸后,必須蓋好含反應(yīng)混合液的反應(yīng)管。對具有潛在傳染危險性的材料,必須有明確的樣本處理和滅活程序。 用過的加樣器吸頭必須放入專門的消毒(例如含次氯酸鈉溶液)容器內(nèi)。實驗室桌椅表面每次工作后都要清潔,實驗材料(原始血標(biāo)本、血清標(biāo)本、提取中的標(biāo)本與試劑的混合液等)如出現(xiàn)外濺,則必須分別處理并作出記錄。 對實驗臺適當(dāng)?shù)淖贤庹丈?254nm波長,與工作臺面近距離)適合于滅活去污染??梢苿幼贤饩€管燈可用來確保工作后對實驗臺面的充分照射。 樣本處理對核酸擴增有很大影響,必須使用有效的核酸提取方法,可在開展臨床標(biāo)本檢測前對提取方法進行評價。 用于RNA擴增檢測樣本制備好以后,應(yīng)立即進行cDNA合成,因為cDNA鏈較RNA穩(wěn)定,保存相對容易。為保證逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)的需要,應(yīng)在標(biāo)本制備區(qū)設(shè)置一個以上的溫育裝置。 cDNA合成的理想溫度依所使用的酶而定,傾向于使用一步法:即使用在擴增反應(yīng)緩沖液條件下具有逆轉(zhuǎn)錄活性的熱穩(wěn)定的DNA聚合酶進行逆轉(zhuǎn)錄,其較cDNA合成后再開蓋以調(diào)節(jié)緩沖液或加入聚合酶進行擴增發(fā)生污染的可能性降低。 待測RNA的cDNA拷貝須保存在標(biāo)本制備區(qū),不得在本區(qū)對樣本進行PCR擴增。
(三)擴增區(qū)
下述工作在本區(qū)內(nèi)進行:DNA或cDNA擴增。此外,已制備的DNA模板和合成的cDNA(來自樣本制備區(qū))的加入和主反應(yīng)混合液(來自試劑貯存和制備區(qū))制備成反應(yīng)混合液等也可在本區(qū)內(nèi)進行。在巢式PCR測定中,通常在第一輪擴增后必須打開反應(yīng)管,因此巢式擴增有較高的污染危險性,第二次加樣必須在本區(qū)內(nèi)進行。 不能從本區(qū)再進入任何"上游"區(qū)域,可降低本區(qū)的氣壓以避免氣溶膠從本區(qū)漏出。 為避免氣溶膠所致的污染,應(yīng)盡量減少在本區(qū)內(nèi)的走動。如有加樣則應(yīng)在超凈臺內(nèi)進行。打開預(yù)處理過的反應(yīng)混合液時必須防止液體濺出,尤其是在巢式擴增步驟之間。一個簡單的方法是在打開反應(yīng)管前快速離心數(shù)秒??墒褂皿w積較小的離心機,因其所占實驗臺面小,易于用一只手操作,適合于大多數(shù)超凈臺。防潮屏障如石蠟油或輕礦物油也具有防污染作用,但必須注意的是,礦物油本身也可能成為一種持續(xù)性的污染源。用過的加樣器必須注意清潔消毒。 完成操作及每天工作后都必須對實驗室臺面進行清潔和消毒,紫外照射方法與前面區(qū)域相同。如有溶液濺出,必須處理并作出記錄。
(四)擴增產(chǎn)物分析區(qū)
下述操作在本區(qū)內(nèi)進行:擴增片段的測定。 核酸擴增后產(chǎn)物的分析方法多種多樣,如膜上或微孔板上探針雜交方法(同位素標(biāo)記或非同位素標(biāo)記)、瓊脂糖凝膠電泳、聚丙烯酰胺凝膠電泳、Southern轉(zhuǎn)移、核酸測序方法等。目前國內(nèi)的商品試劑盒絕大部分均采用非同位素標(biāo)記的微孔板上探針雜交方法,即PCR-ELISA方法,也有膜上探針雜交方法。 本區(qū)是*主要的擴增產(chǎn)物污染來源,因此必須注意避免通過本區(qū)的物品及工作服將擴增產(chǎn)物帶出。在使用PCR-ELISA方法檢測擴增產(chǎn)物時,必須使用洗板機洗板,廢液必須收集至1mol/L HC1中,并且不能在實驗室內(nèi)傾倒,而應(yīng)至遠離PCR實驗室的地方棄掉。用過的吸頭也必須放至1mol/L HCl中浸泡后再放到垃圾袋中按程序處理,如焚燒。
由于本區(qū)有可能會用到某些可致基因突變和有毒物質(zhì)如溴化乙錠、丙烯酰胺、甲醛或同位素等,故應(yīng)注意實驗人員的安全防護。 本區(qū)的清潔消毒和紫外照射方法同前面區(qū)域。本區(qū)如采用負壓條件或減壓情況下(如安裝排風(fēng)扇)可減少擴增產(chǎn)物從本區(qū)擴散至前面區(qū)域的可能性。
了解了PCR實驗室的工藝標(biāo)準(zhǔn)后,我們就能大致確認PCR實驗室的布局、所需的設(shè)備、整體的設(shè)計裝修、PCR實驗室的通風(fēng)系統(tǒng)、PCR實驗室建設(shè)注意事項等。
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